A história acompanha Benio Hanamura, que perdeu sua mãe quando era muito jovem e foi criada por seu pai, um oficial de alto escalão no exército japonês. Como resultado, ela cresceu como uma tomboy, ao contrário das noções tradicionais japonesas de feminilidade, ela estuda o kendo, bebe saquê, se veste com roupas ocidentais de aparência estranha, ao invés do quimono tradicional, e não está interessada no trabalho doméstico tanto quanto em literatura. Ela também rejeita a ideia de casamentos arranjados e acredita no direito da mulher em ter uma carreira e se casar por amor.
Takamachi Nanoha era uma garota normal, até o dia em que acaba resgatando um furão que revela ser um mago de outro planeta que veio até o nosso em busca das Jewl Seeds. Nanoha resolve ajudar o mago ferido e se torna uma garota mágica. Durante a missão de reunir as perigosas Seeds, Nanoha se depara com outra garota, Fate Testarossa, que também está reunindo as Seeds por sua mãe. Nesse confronto por diferentes objetivos, conseguirá Nanoha compreender a tristeza que se pode ver nos olhos da Fate? O filme Reconta a primeira temporada inteira da série Nanoha. Muitos consideram o filme superior a série em si.
É o século 22 e o repórter da cidade de Shambhala Youko e seu namorado andróide, guarda-costas e cinegrafista Pete estão caçando o enigmático criminoso Sr. X. Sua busca os leva à Torre Arco-Íris, onde Youko é feito refém e Vito deve lutar para salvá-la destruindo o programa do computador central da Torre para impedir a fuga do Sr. X.
