Quando Barry usa seus superpoderes para viajar no tempo e mudar os eventos do passado. Mas quando tenta salvar sua família e acaba, sem querer, alterando o futuro, Barry fica preso em uma realidade na qual o General Zod está de volta, ameaçando colocar o mundo em risco, e não há super-heróis a quem recorrer.
Após dois anos espreitando as ruas como Batman, Bruce Wayne se encontra nas profundezas mais sombrias de Gotham City. Com poucos aliados confiáveis, o vigilante solitário se estabelece como a personificação da vingança para a população.
O assassino conhecido como Holiday continua a perseguir a família do crime Falcone, enquanto uma nova classe de criminosos fantasiados sobe em Gotham City. Batman suspeita que um ex-aliado pode ser o assassino em série.
Um assassinato brutal no Halloween leva o jovem vigilante de Gotham, o Batman, a formar um pacto com o capitão da polícia James Gordon e o promotor Harvey Dent para derrubar The Roman, chefe da famigerada e poderosa Família do Crime Falcone. Depois que mais mortes ocorrem no Dia de Ação de Graças e no Natal, fica claro que eles estão lidando com um serial killer: A identidade de quem fica mais difícil de discernir a cada pista conflitante.
Bruce Wayne retorna para casa depois de anos de treinamento para se tornar um combatente do crime, enquanto o Tenente James Gordon se muda para Gotham e encontra a corrupção em todas as esferas da administração. Assim tem início a batalha de Wayne contra as famílias mafiosas e bandidos de Gotham, sem contar a polícia, que nos primórdios de Batman, atacam o morcego freneticamente.
