Desde o incidente na Ilha Escolar, onde quatro Reis foram envolvidos, os membros do Clã de Prata, Kuroh Yatogami e Neko, estão em busca de seu mestre, Shiro. Incapazes de encontrar qualquer pista de Shiro, os dois estavam desesperançados até que se encontram com membros da HOMRA, Rikio Kamamoto e Anna Kushima, que aparentemente estavam sendo perseguidos.
Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.
Em pleno ano de 2071 Spike e seus companheiros ciganos do Esquadrão Bebop estão passeando pela cidade de Tóquio, até que Faye presencia um ataque bioterrorista, que mata cerca de 500 pessoas. Em busca de maiores informações sobre os responsáveis pelo ataque, o governo local oferece uma alta recompensa a qualquer informação entregue. O Esquadrão Bebop se interessa pela oferta e passa a usar suas táticas para encontrar o culpado pelo ataque.
