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Um garoto tímido que escreve poemas haikai e uma garota alegre se conhecem e passam um verão mágico juntos.
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Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
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A história do anime se passa em 2027, um ano após o final da quarta guerra não-nuclear. New Port City ainda está se recuperando do pós-guerra, quando ela sofre um atentado provocado por uma mina automotor. Em seguida, um membro de uma unidade militar é morto a tiros. Durante a investigação, a Segurança Pública da Seção Daisuke Aramaki encontra Motoko Kusanagi, a cyborg hacker atribuída a unidade secreta 501 dos militares. Batou, um homem com o "olho que não dorme", suspeita que Kusanagi é a pessoa por trás do atentado. O Polícial detetive Togusa de Niihama está perseguindo seus próprios casos duais da morte a tiros e assassinato de uma prostituta. Motoko está sendo vigiada por Kurutsu, cabeça da unidade secreta do 501 e os agentes ciborgues.
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Em um mundo alternativo, mas misteriosamente similar ao nosso, o Japão perdeu a 2.º Guerra Mundial… não aos americanos, mas para a Alemanha nazista. O país então caiu num estado de pobreza e de abandono. A população tornou agitada e a policia se tornou uma força política fascista. A maior ameaça ao governo é um grupo terrorista chamado “A Seita”. Para combater estes terroristas é criado uma divisão especial com unidades blindadas. Um homem desta divisão especial, Fuse Kazuki, é posto em uma situação em que ou mata uma jovem ou é morto. A decisão tomada afetará cada aspecto de sua vida a partir de então.
