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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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Shibuya, Tóquio, está agitada com a temporada de Halloween. Um casamento está sendo realizado em Shibuya Hikarie, onde a detetive Miwako Sato, do Departamento de Polícia Metropolitana, está vestida com um vestido de noiva. Enquanto Conan e os outros convidados assistem, um agressor aparece de repente e o detetive Wataru Takagi, que estava tentando proteger Sato, fica ferido. Takagi sobreviveu e a situação foi resolvida, mas aos olhos de Sato, a imagem do ceifador que ela viu quando o detetive Matsuda, o homem por quem ela estava apaixonada, foi morto em uma série de atentados há três anos, coincidiu com Do Takagi.
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One day during summer vacation, a palm-sized alien named Papi appears from a small rocket that Nobita picks up. He is the president of Pirika, a small planet in outer space, and has come to Earth to escape the rebels. Doraemon and his friends are puzzled by Papi’s small size, but as they play together using the secret tool “Small Light”, they gradually become friends. However, a whale-shaped space battleship comes to earth and attacks Doraemon, Nobita and the others in order to capture Papi. Feeling responsible for getting everyone involved, Papi tries to stand up to the rebels. Doraemon and his friends leave for the planet Pirika to protect their dear friend and his home.
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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
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O detetive Conan viaja até Cingapura para investigar um horrível assassinato ligado a uma lendária pedra conhecida como o "Punho da Safira Azul" e para impedir Kaito Kid de colocar suas mãos na cobiçada joia.
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Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.
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Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.
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Em uma noite escura, a polícia japonesa é invadida por um espião. Agências de inteligência de diferentes países - como o MI6 da Inglaterra, o BDN da Alemanha e a CIA dos Estados Unidos - bem como os arquivos secretos do FBI serão levados, mas os oficiais de segurança pública liderados por Tooru Amuro chegam bem a tempo. O espião rouba um carro e foge. O espião e Amuro são então presos em um beco sem saída na rodovia, e quando está prestes a causar um acidente com vários carros, o carro do espião é atingido pela bala do rifle do agente do FBI Shuichi Akai e cai da estrada. No dia seguinte, Conan e seus amigos vão a um aquário recém-reformado em Tóquio. Sob a atração principal, uma roda-gigante, Conan encontra uma mulher atraente sozinha e ferida. Seus olhos esquerdo e direito são de cores diferentes.
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O Doraemon e o grupo tentam salvar um menino chamado Kukuru, e a sua tribo, do Gigazombie que quer alterar a História para o seu próprio proveito.
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Algum tempo depois após o 63º torneio sensha-do, o Ministério da educação Japonês decide dar continuidade com seu plano fechar a Academia Feminina de Ooarai, apesar do recente triunfo no campeonato. A fim de manter a escola aberta, Miho e sua equipe deve vencer uma partida contra uma equipe da Universidade sensha-dou.
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Conan tenta encontrar Kaito Kid, que supostamente roubou uma réplica de uma pintura de Van Gogh durante um leilão.
