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O ano é 2199. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, após receber um "Sistema Inverso Cosmo" em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de "Gatlantis" e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se autodenomina "Goran Dagaamu do Trovão". O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo correr para a Terra, escapa da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de raio devastadora chamada "Canhão de ataque direto de chamas" que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu recuar, mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cor estranha. A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um planeta misterioso.
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O ano é 2148. Dois anos se passaram desde que o mundo foi defendido pela misteriosa Festum, deixando o mundo em paz. Soushi prometeu a Kazuki que um dia ele iria voltar à Ilha Tatsumiya, mas em vez disso ele ainda se mantém escondido, vivendo sua vida na paz que ele criou. Mas um dia, um misterioso navio chega à Ilha Tatsumiya... Um navio sem ninguém, apenas uma menina dormindo no navio. A paz não vai durar tanto tempo como todo mundo acreditava...
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Continuando de onde o último filme ("Evangelion 1.11: Você (Não) Está Só") parou, o filme começa com uma nova criança, Mari Illustrious Makinami, que pilota a Unidade 05 para destruir o Terceiro Anjo que ataca a base ártica da NERV.
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Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?
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Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?
