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O East Blue está em crise? A notícia atinge os Chapéus de Palha ao longo de sua jornada. Com suas cidades natais enfrentando momentos difíceis, Luffy e seus amigos colocam suas aventuras em espera e decidem voltar para o East Blue, quando de repente um misterioso navio pirata aparece voando no céu. O homem que dirigi o navio não é outro senão o usuário de Akuma no Mi, Shiki “O Leão Dourado”, o mesmo lendário pirata que conseguiu escapar da grande prisão submarina Impel Down, e ficou entre os mais infames piratas como o “Rei dos piratas” Gol D. Roger e Barba Branca. Depois de sequestrar Nami por suas habilidades de navegação intuitivas, Shiki envia Luffy e sua tripulação hurdling para baixo a suas próprias ilhas flutuantes pessoais. Separando, a tripulação encontram-se então colocados em uma batalha de sobrevivência com feras terríveis em ambientes misteriosos.
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Após uma infecção viral conhecida como o vírus Medusa aparecer na Sibéria e contagiar toda a Terra, 160 humanos são escolhidos para testar uma cura desenvolvida pela organização Venus Gate. Kasumi é selecionada como uma das 160 pessoas para o experimento. Ela é forçada a entrar no tratamento e ao sono frio sem a irmã gêmea Shizuku, com quem se preocupa muito. Alguns dos que estavam em hibernação acordaram abruptamente, encontrando as instalações onde deveriam ser tratados em estado de deterioração, invadida por uma selva exuberante de árvores e vinhas estranhas cobertas de espinhos. Logo os sobreviventes descobrem que toda a ruína está cheia de criaturas estranhas e outras aberrações monstruosas da natureza. Pensando que uma grande quantidade de tempo passou desde a sua chegada à ilha, em breve os sobreviventes descobriram não só que o sono deles era muito curto para marcar alterações tão dramáticas, mas também que a situação em si é muito maior do que eles poderiam imaginar.
