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Ruka é uma jovem garota cujos pais são separados e cujo pai trabalha em um aquário. Quando dois meninos, Umi e Sora, que foram criados no mar por dugongos, são levados ao aquário, Ruka se sente atraída por eles e começa a perceber que ela tem o mesmo tipo de conexão sobrenatural com o oceano que eles. O poder especial de Umi e Sora parece estar conectado a eventos estranhos que ocorrem cada vez mais frequentemente, como o aparecimento de criaturas marinhas longe de seu território e o desaparecimento de animais de aquário em todo o mundo. No entanto, a natureza exata do poder dos meninos e dos eventos anormais é desconhecida, e Ruka é atraída para investigar o mistério que cerca seus novos amigos.
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Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.