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A história foca na relação entre Tsuneo e Josee. Tsuneo é um estudante universitário e Josee é uma adolescente que, devido a sua incapacidade de andar, raramente sai de casa sozinha.
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O filme conta a história através do ponto de vista de Menma, além de incluir cenas de um ano após os acontecimentos da série.
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A história se passa no período Senkoku. Um rounin chamado Nanashi (que significa "sem nome") salva o garotinho Kotarou e seu cão Tobimaru em um templo abandonado. Kotarou não tem família, é perseguido por uma misteriosa milícia da China e contrata Nanashi como guardacostas. Entre os que perseguem Kotarou está um homem chamado Rarou, um guerreiro muito habilidoso com cabelo loiro e olhos azuis. Ele obedece um velho chamado Byakuran e é membro da milícia chinesa. Diferente de seus companheiros na milícia, ele não serve imperador algum e apenas deseja lutar com o mais forte.
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Em sua jornada contínua para encontrar as penas que são os fragmentos da memória perdida de Sakura, Syaoran, Kurogane, Fai e Sakura se movem através do tempo e do espaço com Mokona. Aqui, eles visitam a "Terra da Gaiola", um país aparentemente pacífico onde pessoas e pássaros vivem juntos, cada um tendo um companheiro de pássaros. Depois que um menino chamado Koruri confunde Syaoran e Sakura por "guarda-costas" e os ataca, eles descobrem que o rei do país possui um poder misterioso. A princesa Tomoyo, Koruri e os outros cidadãos oprimidos, tendo seus pássaros tirados deles, vivem escondidos dentro da floresta. A fim de recuperar a pena de Sakura, Syaoran e os outros se levantam contra o rei intrigante.
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O filme se passa dois anos após os acontecimentos do último episódio da série Fullmetal Alchemist. Edward Elric vive em Munique (Alemanha) no ano de 1923, junto com Alphonse Heiderich, onde busca uma forma de voltar ao seu mundo e reencontrar seu irmão Alphonse Elric e seus amigos, mas ele terá que enfrentar também os problemas de sua época no outro mundo, como por exemplo Adolf Hitler.
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Há 15 anos, o Daiichi Yachiyo Maru, um navio de carga, colidiu com um grande iceberg no norte do Oceano Pacífico e afundou. O capitão e uma tripulação morreram. Agora, em Nishitama, um projetista de navios da Yatsushiro Shipbuilder, que pertencia à Yatsushiro Financial Combine, sofreu um ataque súbito de cervo enquanto dirigia e morreu em um acidente de trânsito. Seis meses se passaram desde então. Conan, Ran e Kogoro estão curtindo sua viagem em Afrodite. O Afrodite é um transatlântico de luxo e está navegando para o Oceano Pacífico como sua viagem inaugural. No entanto, existe uma pessoa suspeita e, finalmente, ocorre um assassinato. É o início de uma trama horrível ocorrida no oceano, de onde não há lugar para onde escapar.
