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Sete anos após ter perdido seu pai durante uma batalha em Tóquio, Anemone (Ami Koshimizu) vai atrás de vingança. Ela agora é a peça fundamental na estratégia de uma unidade experimental para derrotar o Sétimo Eureka, que está matando milhões de pessoas e destruindo continentes. A única maneira de contra-atacar é atingir o inimigo por dentro. Embora seja arriscado, com a ajuda de Dominic (Shigenori Yamazaki) e uma menina de cabelo azul (Kaori Nazuka), Anemone fará o que for preciso para cumprir o plano e salvar a humanidade.
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Nada muito emocionante acontece na vida de Renton até o dia em que um gigante mecha LFO cai sobre ele com uma linda garota dentro, Eureka. No entanto, Eureka e seu mecha roubado estão fugindo dos militares.
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Durante o inverno de 2028, um dos maiores terroristas do mundo, conhecido pelo nome de Fire Starter, lançou uma forte infecção no ciber-cérebro, gerando um grande ambiente de tensão em New Port City. Para rastreá-lo e interromper as ofensivas, a Major Motoko Kusanagi une seu time de fantasma e ordena força máxima.
