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Algum tempo depois após o 63º torneio sensha-do, o Ministério da educação Japonês decide dar continuidade com seu plano fechar a Academia Feminina de Ooarai, apesar do recente triunfo no campeonato. A fim de manter a escola aberta, Miho e sua equipe deve vencer uma partida contra uma equipe da Universidade sensha-dou.
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Takamachi Nanoha era uma garota normal, até o dia em que acaba resgatando um furão que revela ser um mago de outro planeta que veio até o nosso em busca das Jewl Seeds. Nanoha resolve ajudar o mago ferido e se torna uma garota mágica. Durante a missão de reunir as perigosas Seeds, Nanoha se depara com outra garota, Fate Testarossa, que também está reunindo as Seeds por sua mãe. Nesse confronto por diferentes objetivos, conseguirá Nanoha compreender a tristeza que se pode ver nos olhos da Fate? O filme Reconta a primeira temporada inteira da série Nanoha. Muitos consideram o filme superior a série em si.
