A história de Suzume, uma garota japonesa de 17 anos, que conhece um jovem rapaz procurando por uma "porta". Os dois viajam juntos e a encontram dentro de algumas ruínas numa montanha e cercada por água em seu redor, como se tivesse ocorrido algum desastre e ela fora o único objeto restante. Suzume a abre e então, as "Portas do Desastre" começam a se abrir ao redor do Japão, uma após a outra, trazendo desastres intermináveis.
O estudante Hodaka foge de sua casa em uma ilha periférica e se muda para Tóquio, onde faz amizade com Hina. Ela tem um poder que deixa Hodaka impressionado: Hina pode controlar o clima
