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Although traumatized by witnessing the murder of his parents by one of the Choushuu, Ichimura Tetsunosuke's thirst for revenge leads him to desire strength. At the age of 15, Tetsunosuke approached the Shinsengumi, wanting to become one of its members. However, Tetsunosuke lacked the skill, mind, and will to emotionlessly cut down whoever threatened peace and the Shinsengumi. Even with the support of his brother Tatsunosuke and his newfound friends of the Shinsengumi, little did Tetsunosuke know the blood and pain he would have to face being part of this historical group.
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A história segue Matou Sakura, a irmã mais nova de Tohsaka Rin, que quando jovem foi adotada pela família Matou. Assim, ela teve que passar por um torturante treinamento para desenvolver seus poderes mágicos. Sakura não deveria se envolver na Guerra do Santo Graal, mas devido ao seu envolvimento romântico com Shirou, sua mente quebra e ela fica louca. Sakura se torna uma líder da Guerra do Santo Graal e força Shirou em um Destino Cruel.
