Key Animation
Natsume tem estado ocupado navegando entre humanos e youkais quando ele coincidentemente se reúne com um velho colega de classe, Yuki. Ele traz de volta memórias dolorosas de um certo youkai. Enquanto isso, Natsume também se familiarizou com Yorie, uma mulher nas memórias de um youkai cujo nome ele havia retornado. Yorie sabia muito sobre Reiko, mas agora vivia uma vida pacífica com seu único filho, Mukuo. Estar com essa família era reconfortante para Natsume, mas aparentemente um misterioso youkai estava à espreita em sua cidade.
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Em uma noite escura, a polícia japonesa é invadida por um espião. Agências de inteligência de diferentes países - como o MI6 da Inglaterra, o BDN da Alemanha e a CIA dos Estados Unidos - bem como os arquivos secretos do FBI serão levados, mas os oficiais de segurança pública liderados por Tooru Amuro chegam bem a tempo. O espião rouba um carro e foge. O espião e Amuro são então presos em um beco sem saída na rodovia, e quando está prestes a causar um acidente com vários carros, o carro do espião é atingido pela bala do rifle do agente do FBI Shuichi Akai e cai da estrada. No dia seguinte, Conan e seus amigos vão a um aquário recém-reformado em Tóquio. Sob a atração principal, uma roda-gigante, Conan encontra uma mulher atraente sozinha e ferida. Seus olhos esquerdo e direito são de cores diferentes.