Yu-Gi-Oh! O Lado Negro das Dimensões continua a saga do jovem que remontou o Enigma do Milênio e divide seu corpo com o espírito de um antigo Faraó, arco inicado na série Yu-Gi-Oh!. O filme segue Yugi Moto e seu rival Seto Kaiba em um novo duelo que botarão sua experiência à prova, uma batalha que transcenderá as dimensões.
Baseado em uma série de romances de ficção científica, esta série conta a história de um conflito maciço entre o Império Galáctico da Prússia e a Free Planets Alliance. Descreve todos os níveis da guerra, do tático ao estratégico, mas concentra-se mais nos dois líderes dos militares que se opõem: Reinhard Von Lohengramm e Yang Wen-Li.
