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A história nunca antes contada sobre o incidente que levou à destruição da Terra, onde o pai de Renton (Yûko Sanpei) desapareceu. Charles (Patrick Seitz) e Ray Beams (Melissa Fahn) foram os responsáveis por acolher e adotar o menino órfão. Dez anos depois, Renton planeja fugir da casa para trilhar seu próprio caminho.
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Izuku, Bakugo e o resto dos alunos da Turma A da Academia de Heróis terão que unir forças mais uma vez para enfrentar o vilão, Nine.
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Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.
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Depois de um misterioso prisioneiro foge da prisão na Cidade Central, começa a tentativa dos irmãos Elric de recapturá-lo. A busca acaba levando-os a Table City, no sudoeste do país de Creta, onde Alphonse resgata uma jovem alquimista chamada Julia do homem que está tentando capturá-la. No meio da luta, eles literalmente caem na casa de Julia, nas favelas de Milos Valley, e, só então, percebem que estão envolvidos na popular rebelião de seu povo.
