Key Animation
Continuação do primeiro filme, onde tudo será revelado.
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Higashi no Eden: The King of Eden, que é a primeira de duas animações para o cinema (a segunda tem o nome de "Higashi no Eden: Paradise Lost" ), sendo que "The King of Eden" foi exibido no final de 2009 em solo japonês. Os dois filmes concluirão a história da série.
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Continuando de onde o último filme ("Evangelion 1.11: Você (Não) Está Só") parou, o filme começa com uma nova criança, Mari Illustrious Makinami, que pilota a Unidade 05 para destruir o Terceiro Anjo que ataca a base ártica da NERV.
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Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.
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Ano 2034. Faz dois anos que Motoko Kusanagi deixou a Seção 9. Togusa é o novo líder da equipe que tem agora uma abordagem mais pessoal dos casos. A nova e melhorada Seção 9 lida com questões complexas e investiga uma série de eventos interligados que estão sendo manipulados por um ultra-hacker conhecido como Puppeteer (O Mestre dos Bonecos). No filme, a Seção 9 lida com incidentes planejados quase que matematicamente. Mas quem é o Mestre dos Bonecos? E qual a verdadeira intenção dele ao criar essas "coincidências"?