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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
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Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.
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Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
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A agência de detetives de Kogoro recebe um telefonema misterioso. Alguém do outro lado avisa sobre uma bomba e deixa para trás um código, "O Menino de Azul e A Zebra Azul, a chuva de cima". Se Conan conseguir decifrar o enigma, ele poderá parar a bomba. Uma aventura começa para Conan e os Detetives Boys, em uma partida de futebol entre Hideo Akagi do Tokyo Spirits e Ryusuke Higo de Big Osaka.
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O governador de Tóquio, Yuichiro Asakura, recebe uma carta ameaçadora um dia antes da inauguração da Linha Touto, uma nova linha de trem para o metrô de Tóquio. Durante a cerimônia de abertura da linha, Conan Edogawa e os Detetive Boys são conduzidos pelo Professor Agasa e passam pela Linha Touto. Conan, tendo ouvido falar da carta ameaçadora, percebe explosivos conectados à ferrovia de Touto; Usando sua voz original para informar a polícia como Shinichi Kudo, ele é capaz de parar o trem e desviar o tráfego dos explosivos, evitando qualquer morte.
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Um grupo terrorista invade um laboratório contendo uma bactéria mortal e destrói o laboratório com uma explosão. Posteriormente, eles anunciaram pela internet que tomaram posse da bactéria e se declararam os Red Siamese Cats, um grupo terrorista que foi erradicado há uma década.
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Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor em perigo, pois Gin e os outros membros da Organização Negra começam a agir.
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Assassinatos em série envolvendo todos os tipos já aconteceram. Todas as vítimas são de uma escola de música dirigida por um famoso pianista. Conan e companhia foram convidados para um concerto de abertura do Music Hall construído pelo pianista. A maior atração deste show é o violino mundialmente famoso chamado de "Stradivarius" e uma participação especial de um cantor que tem afinação perfeita.
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A Ilha de Koumi, uma bela ilha no Oceano Pacífico. Na ilha, as pessoas passam uma velha lenda de geração em geração de que existia o Palácio do Fundo do Mar, uma antiga ruína no fundo do mar, onde o tesouro de 2 mulheres piratas, Anne Bonnie e Mary Reed (que realmente existiram 300 anos atrás), foi deixado. Quando Conan e seus amigos visitam a Ilha Koumi durante as férias, eles encontram alguns caçadores de tesouros. Havia algo de suspeito sobre eles.
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Sinopse Kogoro e Conan vieram a Yokohama de acordo com um pedido de um homem misterioso. Mas essa era uma armadilha desse homem. Ran e os Detetive Boys serão feitos reféns. Se não resolverem o pedido do homem em 12 horas, as bombas presas aos reféns explodirão. Além disso, o homem sabe que a verdadeira identidade de Conan é Kudo Shinichi. Também Hattori Heiji, o detetive do colégio do oeste, e Kaito Kid entram no palco. Eles serão capazes de resolver o mistério dentro do limite de tempo e salvar Ran e os outros? E quem no mundo é o cliente?
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Há 15 anos, o Daiichi Yachiyo Maru, um navio de carga, colidiu com um grande iceberg no norte do Oceano Pacífico e afundou. O capitão e uma tripulação morreram. Agora, em Nishitama, um projetista de navios da Yatsushiro Shipbuilder, que pertencia à Yatsushiro Financial Combine, sofreu um ataque súbito de cervo enquanto dirigia e morreu em um acidente de trânsito. Seis meses se passaram desde então. Conan, Ran e Kogoro estão curtindo sua viagem em Afrodite. O Afrodite é um transatlântico de luxo e está navegando para o Oceano Pacífico como sua viagem inaugural. No entanto, existe uma pessoa suspeita e, finalmente, ocorre um assassinato. É o início de uma trama horrível ocorrida no oceano, de onde não há lugar para onde escapar.
