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A Quinta Guerra do Santo Graal na cidade de Fuyuki atingiu um ponto de inflexão em que as vidas de todos os participantes são ameaçadas enquanto o inimigo oculto finalmente se revela. Enquanto Shirou Emiya, Rin Toosaka e Illyasviel von Einzbern descobrem a verdadeira natureza corruptora da sombra que está assolando a cidade, eles percebem o quão terrível é a situação. Para proteger seus entes queridos, o grupo deve resistir à força inimiga aparentemente intransponível - mesmo que alguns desses inimigos já tenham sido seus aliados, ou talvez, algo mais íntimo. Quando o ato final dessa guerra caótica começa, os ideais que Shirou acredita serão em breve desafiados por um dilema excruciante: é realmente possível salvar um mundo onde tudo parece ter dado errado?
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A história centra-se na Guerra do Santo Graal e explora a relação entre Emiya Shirou e Matou Sakura, dois adolescentes que participaram neste conflito. A história continua imediatamente depois de Fate / stay night: Heaven's Feel I. Presage Flower, seguindo Shirou como ele continua a participar na Guerra do Santo Graal, mesmo depois de ser eliminado como um mestre.
