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Cem anos atrás, a cidade do deserto “Désser City” foi severamente danificada por uma batalha épica entre os Pokémon. A batalha foi iniciada devido a um Pokémon específico. No entanto, o Pokémon foi selado por alguém, e a cidade voltou a ser calma e normal como era antes até os dias de hoje. Ash, Pikachu, Serena, Clemont e Bonnie continuam a sua jornada, e durante este perído encontram o Pokémon mítico Hoopa, que carrega anéis onde tem a capacidade de invocar tudo até mesmo Pokémon Lendários.
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Quando os malvados Yo-Kai Kin, Gin e Bronzlow fazem o Yo-Kai Watch desaparecer com o tempo para que possam ajudar Dame Dedtime a impedir que humanos e Yo-Kai sejam amigos, Nate Adams encontra ajuda em Yo-Kai Hovernyan, que leva Nate , Sussurro e Jibanyan 60 anos atrás, quando o Relógio Yo-Kai foi inventado pelo avô de Nate, Nathaniel Adams, quando ele era um menino. Juntos, os dois meninos lutam contra Dame Dedtime e seus malvados asseclas Wicked Yo-Kai para salvar o mundo de seus planos malignos.
