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Uma menina, Mayuka, aparece um dia dizendo ser a filha de Tenchi, causando um grande choque na casa dos Masaki. O caos segue enquanto Washu tenta descobrir a história de Mayuka, enquanto as meninas tentam se ajustar à nova presença. O resultado do afeto de Tenchi por Mayuki o coloca em perigo. Agora, Tenchi e Ryoko devem viajar ao reino de um demônio chamado Yuzuha a fim tentar acertar as coisas, mas sua tarefa não será fácil.
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O maior vilão do universo, Kain, liberta-se de seu aprisionamento na Polícia Galáctica e foge para destruir a Família Real Jurai e, assim, tomar o poder do planeta. Kain volta ao passado para matar Achika, filha do príncipe Yosho, na Terra. Mas Achika é a mãe de Tenchi, e por causa disso, Tenchi começa a desaparecer no presente.
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Bison, o lider da organização criminosa Shadaloo quer conquistar o mundo. Assim ele manda seus capangas atrás de lutadores que possam servi-lo como escravos. Bison captura o grande lutador americano Ken Masters, onde Bison faz uma lavagem cerebral em Ken, obrigando-o a ser seu servo, enfrentando até mesmo seu amigo Ryu, um dos maiores artistas marciais do planeta.
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O Mundo Espiritual é atacado por uma forte enchente, arrasando com o lugar, causada por Yakumo, o rei de Meikai, um mundo paralelo ao Mundo Espiritual, que deixou de existir graças ao poder do Rei Enma. Botan então foge ferida para o mundo dos humanos com o objeto que é preciso para Meikai retornar. Yakumo consegue sequestrar Botan, então Yusuke, Kuwabara, Hiei e Kurama vão a luta, para salvar Botan e a Terra.
