Moeka, de 17 anos, que perdeu seus pais, e Yurie, tentando escapar de seu marido violento, desceram em uma estação de Kitsunezaki um dia. O grande terremoto e tsunami mudaram seus destinos. Suas vidas foram salvas, mas ficaram perplexos quando perguntados sobre suas identidades em um local de evacuação. Foi uma velha chamada Kiwa Yamana que lhes deu uma mãozinha. A partir daquele dia, Yurie passou a ser conhecida como Yui, Moeka como Hiyori e, junto com Kiwa, as três mulheres começaram uma maravilhosa vida comunitária juntas na antiga casa "Mayoiga" com vista para o mar.
Living by the sea, protecting the sea, and journeying across the sea…They’re the BLUE MERMAIDS! Because of a shift in tectonic plates around 100 years ago, Japan lost much of its area to submergence. To preserve Japan’s territories, Coastal Cities sprung up, one after the other. Eventually, they became Marine Cities, and along with the expansion of sea-lanes to connect them, the need arose for a sizable staff to protect the seas. At the same time, maritime jobs were becoming more popular among women. Hence, the BLUE MERMAIDS had become every female student’s dream job.