A história de Suzume, uma garota japonesa de 17 anos, que conhece um jovem rapaz procurando por uma "porta". Os dois viajam juntos e a encontram dentro de algumas ruínas numa montanha e cercada por água em seu redor, como se tivesse ocorrido algum desastre e ela fora o único objeto restante. Suzume a abre e então, as "Portas do Desastre" começam a se abrir ao redor do Japão, uma após a outra, trazendo desastres intermináveis.
Um aluno da quarta série investiga a misteriosa razão por trás do súbito aparecimento de pingüins em sua aldeia, que de alguma forma está relacionado ao poder de uma jovem que trabalha em uma clínica odontológica.
Asuna é uma menina solitária. Ela tem o hábito de passar seus dias escutando uma música misteriosa em um rádio especial que ganhou de seu pai. Certo dia ela conhece um rapaz chamado Shun, e parte numa viagem de aventuras para entender as belezas e crueldades do mundo.
