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Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.
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Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.
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Logo após a formatura dos alunos do terceiro ano, μs é convidado para Nova York na esperança de espalhar a alegria dos ídolos da escola para outras partes do mundo. Devido aos eventos do recente Love Live !, o μs alcançou o estrelato eminente, o que resulta em multidões que os enxameiam sempre que aparecem em público. Com o aumento da atenção, no entanto, vem uma escolha difícil. Tendo ainda de anunciar publicamente a decisão que tomaram em relação ao seu futuro, os jovens membros de μs são pressionados a continuar atuando pelo grupo rival A-RISE, Otonokizaka High School e até mesmo pelo Love Live! em si.
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O enredo segue Conan Edogawa, que decide apreender Arsène Lupin III, o suspeito de roubar uma joia chamada de Safira De Cereja.