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Pessoas com poderes em todo o mundo estão repentinamente se suicidando um após o outro, e em todos os casos ocorre depois que um estranho nevoeiro aparece. A pedido de Ango Sakaguchi, a Agência de Detetive Armada investiga Tatsuhiko Shibusawa, um usuário de poderes que se intitula "Colecionador", e um homem suspeito de estar ligado ao incidente.
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O ano é 2199. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, após receber um "Sistema Inverso Cosmo" em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de "Gatlantis" e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se autodenomina "Goran Dagaamu do Trovão". O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo correr para a Terra, escapa da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de raio devastadora chamada "Canhão de ataque direto de chamas" que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu recuar, mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cor estranha. A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um planeta misterioso.
