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Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
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Quando os malvados Yo-Kai Kin, Gin e Bronzlow fazem o Yo-Kai Watch desaparecer com o tempo para que possam ajudar Dame Dedtime a impedir que humanos e Yo-Kai sejam amigos, Nate Adams encontra ajuda em Yo-Kai Hovernyan, que leva Nate , Sussurro e Jibanyan 60 anos atrás, quando o Relógio Yo-Kai foi inventado pelo avô de Nate, Nathaniel Adams, quando ele era um menino. Juntos, os dois meninos lutam contra Dame Dedtime e seus malvados asseclas Wicked Yo-Kai para salvar o mundo de seus planos malignos.
