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No Domínio do Diamante subterrâneo, onde muitos Carbink vivem, a Pokémon Mítica Diancie serve como regente. O Diamante Coração que sustenta o reino começa a desmoronar e Diancie ainda não é forte o bastante para criar um novo. Enquanto busca ajuda da Pokémon Lendária Xerneas, Diancie encontra um grupo de ladrões que querem tomar controle de seu poder de criação de diamantes, mas os ladrões acabam despertando o Pokémon Lendário Yveltal de seu casulo no processo! Poderá Ash e seus amigos ajudarem Diancie a descobrir seu verdadeiro poder, impedir o frenesi destruidor de Yveltal e salvar o Domínio do Diamante?
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Um grupo de cinco Genesect invadiram a cidade grande e representam uma ameaça para o fornecimento de energia elétrica, o que atrai a atenção do lendário Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu e seus amigos devem vir para o resgate quando o poderoso líder, um Genesect vermelho, enfrenta Mewtwo.
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Em Asuka Island , os Chapéus de Palha aprendem sobre Shichiseiken , que é considerada a mais bela espada no Mundo e também um tesouro valioso , embora contenha uma maldição mortal . Quando eles retornam ao navio, eles percebem que Zoro, que devia atuar como guarda, está faltando, mas eles são forçados a deixar o porto quando eles são atacados por fuzileiros navais. Eles então deixam o navio em outra seção da ilha e se deparam com uma aldeia, cujo trabalho é manter o Seven Stars Espada selado. Que é logo atacado por fuzileiros navais que estão tentando libertar a espada de entre os quais é Zoro! Que razão poderia ter Zoro para fazer isso? Qual é o segredo da espada? Por que a Marinha a quer ? As respostas estão na noite da lua vermelha.
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Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.