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Na cidade de Orario, sob uma torre impossivelmente alta, fica a masmorra. Somente os aventureiros que formam parcerias com os próprios deuses têm qualquer esperança de derrotar os monstros que estão dentro. Mas a masmorra não é o único lugar onde existem monstros. Longe de Orario, nas ruínas de uma antiga cidade, surge uma nova ameaça. Para combater essa ameaça, a deusa Ártemis veio a Orário em busca de um campeão - mas não é Ais Wallenstein nem Ottar que ela escolhe. Pelo contrário, é Bell Cranel, um aventureiro novato em parceria com uma deusa de baixo nível.
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Enquanto se preparam para se matricular em uma nova escola, as alunas do primeiro e do segundo ano encontram problemas inesperados. Além disso, depois de ir para uma viagem de formatura, as alunas do terceiro ano desaparecem. Ao serem separadas, as membros da Aqours apreciam o peso de sua união pela primeira vez. Para avançar, eles devem decidir como reagir às novas situações
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Natsume tem estado ocupado navegando entre humanos e youkais quando ele coincidentemente se reúne com um velho colega de classe, Yuki. Ele traz de volta memórias dolorosas de um certo youkai. Enquanto isso, Natsume também se familiarizou com Yorie, uma mulher nas memórias de um youkai cujo nome ele havia retornado. Yorie sabia muito sobre Reiko, mas agora vivia uma vida pacífica com seu único filho, Mukuo. Estar com essa família era reconfortante para Natsume, mas aparentemente um misterioso youkai estava à espreita em sua cidade.
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O filme mostra o ponto de vista de Suwa, enquanto ele ajuda no relacionamento de Kakeru e Naho. Também conta com uma história original escrita pelo criador original da série, Ichigo Takano, que acontece após os eventos no anime.
