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A história nunca antes contada sobre o incidente que levou à destruição da Terra, onde o pai de Renton (Yûko Sanpei) desapareceu. Charles (Patrick Seitz) e Ray Beams (Melissa Fahn) foram os responsáveis por acolher e adotar o menino órfão. Dez anos depois, Renton planeja fugir da casa para trilhar seu próprio caminho.
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Sete anos após ter perdido seu pai durante uma batalha em Tóquio, Anemone (Ami Koshimizu) vai atrás de vingança. Ela agora é a peça fundamental na estratégia de uma unidade experimental para derrotar o Sétimo Eureka, que está matando milhões de pessoas e destruindo continentes. A única maneira de contra-atacar é atingir o inimigo por dentro. Embora seja arriscado, com a ajuda de Dominic (Shigenori Yamazaki) e uma menina de cabelo azul (Kaori Nazuka), Anemone fará o que for preciso para cumprir o plano e salvar a humanidade.