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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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Shibuya, Tóquio, está agitada com a temporada de Halloween. Um casamento está sendo realizado em Shibuya Hikarie, onde a detetive Miwako Sato, do Departamento de Polícia Metropolitana, está vestida com um vestido de noiva. Enquanto Conan e os outros convidados assistem, um agressor aparece de repente e o detetive Wataru Takagi, que estava tentando proteger Sato, fica ferido. Takagi sobreviveu e a situação foi resolvida, mas aos olhos de Sato, a imagem do ceifador que ela viu quando o detetive Matsuda, o homem por quem ela estava apaixonada, foi morto em uma série de atentados há três anos, coincidiu com Do Takagi.
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Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.
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Two-hour remake of the original 1st episode, in celebration of the anime celebrating 20 years in broadcast. The special retells what happened on the day Shinichi was transformed into the body of a child. The special includes new scenes that weren't in the original manga or the first anime episode.
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Conan tenta encontrar Kaito Kid, que supostamente roubou uma réplica de uma pintura de Van Gogh durante um leilão.
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O filme se passa em um navio Aegis de última geração, com a cooperação total do Ministério da Defesa e da Força de Autodefesa Marítima da vida real do Japão. O cadáver de um membro da Força de Autodefesa foi encontrado - sem o braço esquerdo - e um espião se infiltrou na nave Aegis. A heroína Ran é colocada em perigo e Conan é forçado a enfrentar o perigoso Spy "X".
