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Two partners Effera and Jiliora escape from a slave boat with the aid of their friend Orlin and a young boy named Kilian. When Kilian is killed in the escape Effera and Jiliora take it upon themselves to return Kilian's pendant to his two siblings who are being held captive by Baron Celdion, who is plotting to take over all of the neighboring countries.
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O filme apresenta o retorno do principal antagonista da série original, Char Aznable, que reaparece após cinco anos na clandestinidade para liderar Neo-Zeon mais uma vez na luta pela independência contra a Federação da Terra. Ainda determinado a fazer a humanidade colonizar totalmente o espaço, ele mobiliza as forças de Neo-Zeon para derrubar o asteroide Luna 4 na sede da Federação,em Lhasa, Tibet. Sob o pretexto de render as forças de Neo-Zeon, ele pretende derrubar também o asteroide Axis na Terra. No entanto, a Federação monta a sua própria força-tarefa anti-insurgente, a Londo Bell, para enfrentá-lo.
