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Após dois anos dos eventos da Quarta Guerra Mundial Ninja, a lua começa a cair em direção à terra. Com a lua agora como um meteoro que ameaça destruir tudo com o impacto, um Naruto mais velho tem de lidar com esta nova ameaça. Enquanto isso, uma concorrente a liderança do Clã Hyūga, Hinata, consegue entregar à Naruto um cachecol de valor sentimental amoroso no Festival de Inverno de Konohagakure, e, em seguida, é vítima de um fracassado sequestro de um vilão misterioso. Este vilão consegue tomar a irmã mais nova de Hinata, Hanabi Hyūga, como réfem, e assim atrai Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata em uma missão de resgate a Hanabi. Em meio a caça ao vilão, ocorre algumas conversas entre Naruto e Hinata, assim como encontros com o vilão, e os acontecimentos só fortalecem uma relação mais forte entre eles.
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O East Blue está em crise? A notícia atinge os Chapéus de Palha ao longo de sua jornada. Com suas cidades natais enfrentando momentos difíceis, Luffy e seus amigos colocam suas aventuras em espera e decidem voltar para o East Blue, quando de repente um misterioso navio pirata aparece voando no céu. O homem que dirigi o navio não é outro senão o usuário de Akuma no Mi, Shiki “O Leão Dourado”, o mesmo lendário pirata que conseguiu escapar da grande prisão submarina Impel Down, e ficou entre os mais infames piratas como o “Rei dos piratas” Gol D. Roger e Barba Branca. Depois de sequestrar Nami por suas habilidades de navegação intuitivas, Shiki envia Luffy e sua tripulação hurdling para baixo a suas próprias ilhas flutuantes pessoais. Separando, a tripulação encontram-se então colocados em uma batalha de sobrevivência com feras terríveis em ambientes misteriosos.
