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Uma jornada espetacular de um jovem herói que visita um passado misterioso repleto de monstros, dragões e estranhos poderes ocultos. Por meio de uma série de batalhas e aventuras extraordinárias, Jun, um adolescente tímido, é transformado em um herói destinado a combater o mal e assegurar a harmonia e a tranqüilidade no mundo.
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Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?
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Alguém que porta uma foice ataca Mayuri, que estava em seu laboratório. Mayuri subitamente fica fora de controle e acaba acertando o painel de controle de seu laboratório. Com isso, toda a Seireitei fica coberta por uma nuvem de partículas espirituais, aprisionando todos os Shinigamis dentro de um casulo.
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Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.
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Tudo começa quando Hitsugaya e a sua equipa estavam transportando um tesouro real chamado Ouin, até ser atacado por um grupo misterioso. O tesouro é roubado e Hitsugaya que no momento estava enfrentando o líder do grupo, desaparece. Dias depois, Ichigo que já havia sido informado do desaparecimento, encontra com Hitsugaya ferido, e sem querer dizer nada, Ichigo acaba tendo que lutar com Hitsugaya. No meio da batalha, um hollow aparece dizendo que veio buscar Hitsugaya Toshirou e o leva embora. Com isso, é enviado o 8º Capitão e a equipa de resgate de Hitsugaya para o mundo humano, mas eles são derrotados e o responsável foi o próprio Hitsugaya. Com este fato, é dada a ordem de execução de Hitsugaya Toshirou pela Soul Society.
