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Demônios que antes quase destruíram o mundo, agora foram libertados por alguém. Para evitar a destruição, os demônios devem ser novamente selados e trancados, e a única pessoa capaz de fazer isto é uma menina chamada Shion. Ela vem do país do demônio e é capaz de duas coisas: prever a morte de pessoas e também selar demônios. Desta vez, a missão de Naruto é proteger Shion, mas ela prevê a morte dele.
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Os Tamers estão em férias de verão e estão separados. Takato visita o seu primo Kai em Okinawa com o Guilmon, Henry investiga ruínas subaquáticas em Yonaguni com Terriermon e Rika fica para trás com Renamon para defender a sua cidade de Digimon invasores. Um Digimon maligno conhecido como Mephismon aparece e começa um plano que envolve a mania do novo animal de estimação digital conhecido como V-Pet para desativar as comunicações em todo o mundo e permitir que os Digimon atravessem livremente para o mundo real.
