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A história conta sobre o mesmo que aconteceu em tempos atrás quando o digimundo vivia as lutas entre digimons humanóides e Feras, para saber quem é o melhor, mas temos que deixar bem claro que a história deste filme (OVA) na história digimon Frontier, e não antes quando ainda havia os digimons Ancient's. Tudo está acontecendo de novo por que digimons Humanóides e Feras lutam por razões absurdas, por que pensam totalmente um diferente do outro, então um sempre quer estar certo e o outro sempre acha que o outro está errado. Nos dois exércitos a um lider que comanda as tropas, os digimons Humanóides são liderados por D'arcmon, e do exército fera quem comanda as tropas é HippoGryphomon.
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Locomon, um digimon trem, de repente apareceu no mundo real. Todos os tamers se juntam para parar o trem antes que ele chegue ao seu destino final: o portal para o mundo digital.
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Após os acontecimentos de Digimon Adventure 02, tudo está finalmente voltando ao normal. Até que um ícone estranhamente familiar começa a mostrar-se em sistemas de computadores ao redor do Japão. E não apenas os sistemas de computador ... TVs, celulares, jogos de vídeo; qualquer coisa com uma tela com recursos on-line. E este ícone parece estar procurando por alguém ... Yagami Taichi, e Ishida Yamato, que o derrotou vários anos antes. Então percebe-se que este digimon é, de fato Diablomon, o tipo de vírus Digimon que foi derrotado em "Bokura no War Game". Mas desta vez, ele aprendeu a tornar-se físico, e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.
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Anos após um garoto na América ter perdido um de seus amigos Digimon, um Digimon Viral sequestra as originais Crianças Escolhidas. Seus amigos têm de correr contra o tempo com os seus parceiros Digimon para descobrir a origem dessa nova ameaça, e ainda há mais um mistério rondando essa história.