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Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
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Asuna é uma menina solitária. Ela tem o hábito de passar seus dias escutando uma música misteriosa em um rádio especial que ganhou de seu pai. Certo dia ela conhece um rapaz chamado Shun, e parte numa viagem de aventuras para entender as belezas e crueldades do mundo.
