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U.C. 0083 - Três anos após o fim da catastrófica guerra de um ano, a paz na Terra e nas colônias é abalada pela presença da Frota Delaz, um grupo militar de Zeon, fiel aos ideais do falecido ditador Gihren Zabi. O piloto da Delaz Fleet, Anavel Gato, uma vez aclamado como "O Pesadelo de Salomão", se infiltra na base da Federação em Torrington, na Austrália, e rouba o protótipo Gundam GP02A "Physalis". O piloto novato Kou Uraki - com a ajuda da engenheira da Anaheim Electronics, Nina Purpleton, e da tripulação da transportadora Albion - pilota o protótipo Gundam GP01 "Zephyranthes" numa tentativa de recuperar a unidade roubada de Gundam e impedir que outra guerra se instale.
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Novos conflitos irrompem após uma geração relativamente pacífica. A fim de acomodar a população crescente, a Federação Terrestre constrói novas colônias espaciais. Porém, a Crossbone Vanguard decide tomar essas colônias para estabelecer seu império extraterrestre. A história de Gundam F91 acompanha o jovem colono Seabook Arno, sua namorada Cecily Fairchild, e os esforços da milícia Crossbone Vanguard, liderada pelo avô de Cecily, Meitzer Ronah, para estabelecer sua aristocracia conhecida como "Cosmo Babylonia". Mantendo a tradição da franquia, o civil Seabook é forçado pelas circunstâncias a pilotar o Gundam F91, projetado por sua mãe, em uma ferrenha luta pela sobrevivência.
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A linda americana Emily O'Hara oferece ao City Hunter (Ryo Saeba e Kaori Makimura) um milhão de dólares para protegê-la de um homem chamado Douglas. Ryo e Kaori aceitam o trabalho, mas as coisas não são o que parecem. O real alvo real só poderia ser Ryo, mas não está claro quem quer Saeba morto.
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Kei e Yuri são chamadas para resolver o mistério do desaparecimento de uma nave espacial.
