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A história se passa no período Senkoku. Um rounin chamado Nanashi (que significa "sem nome") salva o garotinho Kotarou e seu cão Tobimaru em um templo abandonado. Kotarou não tem família, é perseguido por uma misteriosa milícia da China e contrata Nanashi como guardacostas. Entre os que perseguem Kotarou está um homem chamado Rarou, um guerreiro muito habilidoso com cabelo loiro e olhos azuis. Ele obedece um velho chamado Byakuran e é membro da milícia chinesa. Diferente de seus companheiros na milícia, ele não serve imperador algum e apenas deseja lutar com o mais forte.
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Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.
