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Século Universal 0087, Char Aznable agora se tornou o líder do AEUG. Scirocco, o homem de Júpiter, planeja tomar o controle dos Titãs. Haman, o líder do Eixo, está tentando restaurar a família Zabi. Através da política e da estratégia, esses três poderes lutam pelo domínio sobre a esfera da Terra. A guerra se transforma em um final mortal em torno da colônia espacial Gryps 2, que foi convertida em um canhão laser gigante. Que destino espera Kamille no final do conflito? Esta é a parte final da trilogia de recursos do Mobile Suit Zeta Gundam, que apresenta animação aprimorada e músicas tema por GACKT.
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Num futuro distante, os seres humanos são atacados pela floresta devido ao fracasso da manipulação genética da mesma. Mas mesmo com as adversidades proporcionadas pelo ambiente em que vivem, Agito e outras pessoas conseguem viver felizes em tal cenário. Certo dia, Agito encontra Tula, uma jovem do passado que estava em hibernação suspensa. Ela tem o conhecimento necessário para fazer o mundo retornar ao que era antes, mas será isso uma coisa realmente boa?
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Século Universal 0087, quando a guerra civil entre o AEUG e os Titãs continua, Kamille conhece uma garota misteriosa chamada Four. Mas seu encontro com Four, um dos "cyber-newtypes" dos Titãs, enche seu coração de angústia. O amuado Kamille luta para voltar ao espaço para encontrar o novo celular Z Gundam esperando por ele. Enquanto isso, Paptimus Scirocco, o homem de Júpiter, adicionou sua força à dos Titãs. E um terceiro poder está finalmente fazendo seu movimento, na forma dos remanescentes de Zeon da Axis... Com animação aprimorada e uma música tema de GACKT, o romance trágico de Kamille e Four se desenrola nesta segunda parte do Mobile Suit Zeta Gundam trilogia característica.
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Século Universal 0087. Os Titãs, uma facção belicosa entre as Forças da Federação Terrestre, tornam-se poderosos e tirânicos, mesmo usando gás venenoso para suprimir uma agitação civil. Soldados dissidentes do mesmo exército estão contra eles, formando um grupo de resistência chamado AEUG. Kamille Bidan, um estudante civil, fica enredado nesse conflito quando ele impulsivamente rouba o Gundam Mark II e se junta ao AEUG, fugindo de sua colônia espacial. Então ele começa a lutar junto com Char Aznable, um ex-piloto ace de Zeon que se infiltrou na esfera da Terra por motivos próprios. Esta é a primeira parte da trilogia característica derivada da série de anime Mobile Suit Zeta Gundam, e apresenta animações e temas temáticos melhorados por GACKT.
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After Colony 196 - Um ano se passou após a batalha entre a Terra e suas colônias. Heero, Duo, Trowa e Quatre enviam seus Gundams em direção ao sol. Relena Darlian é agora a ministra da Nação Unificada da Terra. Mas como os pilotos de Gundams estão ajustando à paz na Terra, Relena é sequestrada e uma nova ameaca aparece, conduzida por Mariemaia Khushrenada - a filha do recente ditador Treize Khushrenada e herdeira da Fundação Barton. Tornando ainda mais complicado, o piloto do Gundam Nakatu WuFei apoia essa discórdia. Os pilotos de Gundam conseguem recuperar os seus mobile suits e mais uma vez tentarão nessa batalha com Mariemaia impedir sua dominação global.
