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Reinhard von Müsel, a poor nobleman's son, one day discovers that his sister, Annerose, has been sold to the royal family. To get her back he sets out to rise quickly through the military along with his friend Siegfried Kircheis.
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Novos conflitos irrompem após uma geração relativamente pacífica. A fim de acomodar a população crescente, a Federação Terrestre constrói novas colônias espaciais. Porém, a Crossbone Vanguard decide tomar essas colônias para estabelecer seu império extraterrestre. A história de Gundam F91 acompanha o jovem colono Seabook Arno, sua namorada Cecily Fairchild, e os esforços da milícia Crossbone Vanguard, liderada pelo avô de Cecily, Meitzer Ronah, para estabelecer sua aristocracia conhecida como "Cosmo Babylonia". Mantendo a tradição da franquia, o civil Seabook é forçado pelas circunstâncias a pilotar o Gundam F91, projetado por sua mãe, em uma ferrenha luta pela sobrevivência.
