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Lupin e Jigen estão de olho em um tesouro chamado de Little Comet, localizado no país de Doroa Oriental. O país fortificou sua fronteira depois que uma cantora chamada Queen Malta foi assassinada no país vizinho, Doroa Ocidental. Apesar dos dois países serem inimigos, Lupin e Jigen ainda planejam roubar o tesouro. Durante o assalto, Jigen quase foi morto por um franco-atirador chamado Yael Okuzaki. Sua especialidade é preparar sepulturas para seus alvos antes de executar suas mortes. Dizem que ninguém sobreviveu após Yael fazer uma sepultura para um alvo.
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Num futuro distante, os seres humanos são atacados pela floresta devido ao fracasso da manipulação genética da mesma. Mas mesmo com as adversidades proporcionadas pelo ambiente em que vivem, Agito e outras pessoas conseguem viver felizes em tal cenário. Certo dia, Agito encontra Tula, uma jovem do passado que estava em hibernação suspensa. Ela tem o conhecimento necessário para fazer o mundo retornar ao que era antes, mas será isso uma coisa realmente boa?
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Uma grande explosão fez com que Tóquio fosse destruída em 1988. Em seu lugar, foi construída Neo-Tóquio, que, em 2019, sofre com atentados terroristas por toda a cidade. Kaneda e Tetsuo são amigos que integram uma gangue de motoqueiros. Eles disputam rachas violentos com uma gangue rival, os Palhaços, até que um dia, Tetsuo encontra Takashi, uma estranha criança com poderes que fugiu do hospital onde era mantido como cobaia. Tetsuo é ferido no encontro e, antes de receber a ajuda dos amigos, é levado por integrantes do exército, liderados pelo coronel Shikishima. A partir de então, Tetsuo passa a desenvolver poderes inimagináveis, o que faz com que seja comparado ao lendário Akira, responsável pela explosão de 1988. Paralelamente, Kaneda se interessa por Kei, uma garota envolvida com espiões, que tenta decifrar o enigma por trás das cobaias controladas pelo exército.
