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Um príncipe do País da lua está viajando o mundo e precisa ser escoltado de volta pra sua ilha natal por Naruto, Kakashi, Sakura e Lee. O país da Lua parece ser realmente bem rico pois seu Príncipe tende a comprar tudo o que seu coração deseja, durante suas viagens o Príncipe precisa atravessar um grupo de circo que tem como atrativo um raro tigre dentes de sabre que ele simplesmente tem que ter!!! Então ele simplesmente compra o circo todo! E de repente uma missão para proteger um príncipe arruinado que não escuta nada do que dizem vira uma missão para cuidar de animais e um príncipe que não escuta nada do que dizem, e no final dar um jeito de voltar em segurança para sua terra natal. Ainda por cima surgem três misteriosos ninjas usando jutsus ameaçadores que estavam apenas a espera deles para recepciona-los…
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A história começa quando o Pokémon Ranger Jackie é mandado para encontrar informações sobre Manaphy. Ele consegue pegar o "ovo" de volta, que está Manaphy (não era para ser um Phione?). Ash e cia chegam em uma cidade, e sem saber, se encontram com Jackie. May desconfia que tem algo estranho naquela "casa", e assim, descobre Manaphy. May fica sendo uma mãe para Manaphy, mas será que ela seguirá a sua jornada com seu novo companheiro? Lembre Phione não evolui para Manaphy Phione é um Resultado de um Cruzamento (Breeding). May liga-se a Manaphy no filme, agindo como "mãe" do pequeno pokemon.
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A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.
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Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.
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Meowth is in charge of the Team Rocket secret base, a mysterious place full of odd gadgets and gizmos. Desperate to impress the boss, Meowth wants to use the Dancing PokéBaton—a device that lets users control Pokémon as they please—to create a show that’s sure to wow. Meanwhile, Pikachu and its friends finish up playing in the forest and stumble on the base. The gang hears Whismur, the Whisper Pokémon, crying for help—but when they try to make their rescue, the Dancing PokéBaton goes off and sends the whole group into a dancing frenzy! When a noise-loving Loudred and Ludicolo get caught up in the dancing, the madness gets even wilder! What’s going to happen to Meowth’s precious secret base?
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Ash e seus amigos continuam viajando por Hoenn quando decidem fazer uma pausa em um festival comemorativoa uma famosa estrela milenar. No festival eles conhecem o mago \"Grande Mordomo\" e sua assistente Daiane,que presenteiam Max com uma espécie de cristal roxo, onde dentro dele está o lendário Pokémon Jirachi, capaz de atender desejos.
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Riding home atop a train, the Pichu Brothers suddenly find themselves knocked off and flying through the air! They hit a Wynaut on their way down, bringing all three of them to the forest where Pikachu, Totodile, and some more friends are playing in a waterfall and building a campfire. When it starts to rain, the group takes shelter in a water mill—but the water mill starts moving! The next morning, the whole group decides to work together to make sure the Pichu Brothers make their train. Will the two be able to make it home safe?
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At a giant beachside mansion, Pikachu and some of its buddies decide to play a game of hide-and-seek. Pikachu is “it,” and it goes off in search of its friends. Meanwhile, Larvitar, sick of being all by itself, kicks a rock in anger. The rock hurtles through the air—and hits a lawnmower, turning it on and sending it tearing off after Pikachu and its friends! The group draws the lawnmower into a maze and even gets it into the water, but the lawnmower just keeps on chasing. The Pokémon build a road out of logs, hoping to get the lawnmower into a shack, but Psyduck trips and ruins the whole setup. How will the friends ever escape the lawnmower? This fantasy will have you on the edge of your seat!
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Há 40 anos um poderoso pokémon, Celebi, escapou por pouco de umcaçador especializado em capturare vender pokémons raros. Juntamente com Sammy, um garoto, Celebi usou seus poderespara viajar no tempo e escapar da ameaça. Já no presente Sammy encontraAsh, Pikachu e seus amigos, a quem pede ajuda já que Celebi está esgotado pelo esforço feito pela viagem. Entretanto ogrupo terá queenfrentar um poderoso vilão,que possui uma pokébola capaz de transformaros pokémons capturados em criaturas malignas e poderosas.
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While visiting a big city with Ash, Pikachu meets the Pichu Brothers—Pichu Little, the rambunctious younger half, and Pichu Big, the reserved older half. Pikachu does its best to keep Pichu Little from falling off a building, but it ends up falling off itself! The adventures continue as Pikachu and the Pichu Brothers roll off the top of a bus, fall into a river, and then fly into the air and onto the back of a Houndour! With the angry Houndour in hot pursuit, the trio makes its way to a pile of tires that serves as a “secret fort.” All the hustle and bustle, though, sends the fort tumbling down. With the help of some Pokémon, the group works together to rebuild the fort—but Pikachu remembers that it has to get back to Ash. The Pichu Brothers whisk Pikachu away and head for the building where Ash is waiting, but will they manage to get there in time?
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Ash, treinador de pokémons, e seus companheiros têm a difícil tarefade restaurar o equilíbrio das forças naturais na Terra para impedir que uma grande catástrofe aconteça. Para isso, precisam recuperar três pokémons que estão nas mãos de vilão.