Rocky, Colt e TumTum devem lutar contra um rico e malvado dumper de lixo tóxico, a fim de salvar uma tribo indígena local e seu amigo Joe. Os 3 Ninjas devem ajudar a encontrar o pai de Joe e encontrar um disco secreto que contenha evidências que possam deter o aterro tóxico que está destruindo a comunidade indígena. No entanto, a cidade é de propriedade do homem rico e ele controla a polícia e até mesmo o prefeito. Eles devem lutar contra uma gangue de motoqueiros e cowboys renegados nesta aventura ninja sem parar.
A cada ano, três irmãos Samuel, Jeffrey e Michael Douglas visitam seu avô japonês, Mori Shintaro, a quem os meninos chamam carinhosamente de avô, para o verão. Mori é altamente qualificado nos campos de artes marciais e Ninjutsu, e por anos treinou os meninos em suas técnicas. Depois de um anel de crime organizado revelar-se muito para o FBI, é hora dos 3 irmãos NINJAS! Para usar suas habilidades de artes marciais, eles se unem para combater o ringue do crime e enganar alguns sequestradores muito persistentes!
