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O filme anime apresentará os personagens familiares da franquia agora crescidos, e se reunindo para construir um acampamento.
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Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
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Boruto é o filho do sétimo Hokage e o rejeita completamente como pai. Além disso, ele espera superar Naruto, que é respeitado como um herói. Ele acaba por encontrar o amigo do seu pai, Sasuke, e pede para se tornar seu… aprendiz?!?
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Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.
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O filme é baseado no jogo Rockman.EXE (Mega Man Battle Network no States), da famosa franquia Mega Man, da Capcom.