Deku e All Might são convidados para a I-Expo, a maior exposição de invenções e novidades para heróis superpoderosos, reunindo patrocinadores e profissionais do mundo todo. Quando a exposição é invadida por vilões, burlando todo o poderoso sistema de segurança do local, a sociedade de heróis fica gravemente ameaçada. Só uma pessoa é capaz de salvar a todos e restaurar a paz: All Might.
Em uma realidade alternativa alguns meninos chamados kildren são geneticamente modificados e se destinam a viver em uma eterna adolescência, nunca envelhecendo. Os Kildren estão cientes de que todos os dias podem ser seus últimos dias: seus papéis são os de peões de um jogo de guerra organizado por adultos.
A história se passa no período Senkoku. Um rounin chamado Nanashi (que significa "sem nome") salva o garotinho Kotarou e seu cão Tobimaru em um templo abandonado. Kotarou não tem família, é perseguido por uma misteriosa milícia da China e contrata Nanashi como guardacostas. Entre os que perseguem Kotarou está um homem chamado Rarou, um guerreiro muito habilidoso com cabelo loiro e olhos azuis. Ele obedece um velho chamado Byakuran e é membro da milícia chinesa. Diferente de seus companheiros na milícia, ele não serve imperador algum e apenas deseja lutar com o mais forte.
Advent Children começa dois anos após o término do jogo que lhe deu origem. A Shinra Inc., uma poderosa empresa, está a acabar com o planeta devido às suas explorações. O lendário guerreiro da força de elite SOLDIER, Sephiroth, descobre provir de uma experiência genética, e decide acabar com a terra invocando um meteoro. Porém, Cloud, um ex-SOLDIER, e os seus companheiros impedem o apocalíptico meteoro, sepultando Sephiroth após várias batalhas.
No ano 2032, Bato, um ciborgue detetive da unidade antiterrorista da segurança pública Seção 9, investiga o caso de um robô feminino criado exclusivamente para o prazer sexual que matou seu dono.
In this 13-part mini-series, Kino and her talking motorcycle Hermes travel around the world, visiting different countries for three days each in order to learn about each one.
