Ao chegar à estação de trem que leva à morte eterna, uma alma triste recebe a notícia de que teve sorte e ganhará outra chance de viver. Ela, então, assume o corpo de um garoto de 14 anos chamado Kobayashi Makoto, que acaba de tentar suicídio. Assistida por um espírito neutro chamado Purapura, a alma deve descobrir qual foi o seu maior pecado e o que errou em sua antiga vida antes que seu prazo no corpo de Makoto se esgote. Ele também deverá cumprir uma série de outras tarefas menores, como entender o que levou Makoto a cometer suicídio e aprender a aproveitar sua segunda chance na vida.
Advent Children começa dois anos após o término do jogo que lhe deu origem. A Shinra Inc., uma poderosa empresa, está a acabar com o planeta devido às suas explorações. O lendário guerreiro da força de elite SOLDIER, Sephiroth, descobre provir de uma experiência genética, e decide acabar com a terra invocando um meteoro. Porém, Cloud, um ex-SOLDIER, e os seus companheiros impedem o apocalíptico meteoro, sepultando Sephiroth após várias batalhas.
