A história do novo filme se passa na Floresta Okoya, um paraíso Pokémon protegido por leis estritas que proíbem visitantes de pisar na área. O filme é centrado em Coco, um menino que foi criado por Pokémon e também se considera um, tratando o Pokémon Mítico Zarude como seu pai. Ash e Pikachu encontram Coco durante uma aventura.
Hijikata Toushirou, o temido vice-comandante demoníaco do Shinsengumi, sofre um ataque misterioso que muda completamente a sua personalidade, transformando-o em um otaku medroso intitulado “Tosshi”. Enquanto Hijikata luta para recuperar sua antiga personalidade, o Shinsengumi ganha mais um membro: Itou Kamotarou, que se aproveita da nova personalidade do Hijikata para tentar tomar o Shinsengumi. No entanto, os planos de Itou se mostram tortuosos, e a existência do Shinsengumi é colocada em xeque.
Um assassino misterioso que possui uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo. Tetsuko e Tetsuya são dois irmãos ferreiros especializados em forjar espadas, e assustados com os assassinatos que estão ocorrendo em Edo, decidem contratar o Yorozuya para investigar quem é o assassino. No entanto, Tetsuya avisa a Gintoki que o assassino possui uma espada poderosa chamada Benizakura e que tem ligação com o Kiheitai. Então, Gintoki caça o misterioso assassino.
In the early 1200s, Dogen brought Chinese Zen philosophy to Japan, and established the Japanese Zen school of Buddhism. He taught that a person was capable of realizing Buddhahood within himself, by way of Zazen. Zazen is extended hours of sitting and meditating to achieve a state of “Mu” (nothingness, or empty existence).
Maki is a talented copper plate artist, however, just before her first gallery show, she gets struck by a truck. When she comes to she is at home. When she ventures outside, the city is deserted and she knows something is deeply wrong. Each day repeats; she wakes up at 2:15 in the afternoon. Gradually things start change, the phone rings, and she finds that she is not alone...