O filme se passa poucos anos depois da Grande Guerra, antes dos eventos do jogo. O Imperador morreu e sua posição ficou desocupada sem nenhum herdeiro escolhido, entretanto o mundo parecia estar em paz.Usando o poder de uma substância poderosa conhecida como Aer, as pessoas do planeta Terca Lumireis estão numa era de descobrimento e prosperidade. A forma cristalizada de Aer, conhecida como Apatheias, é considerado uma fonte muito poderosa, e é essencial para a vida humana. Para proteger a cidade de ataques dos monstros, uma larga escala de Apatheia está sendo produzida para criar barreiras em torno da cidade. Um dia numa floresta perto da cidade Shizontania, Yuri Lowell e Flynn Scifo, dois cavaleiros que tinham se juntado há pouco tempo ao Batalhão Nylen. Eles são enviados à uma missão para investigar a anormalidade de Aer na região.
The story takes place on a world 100 years in the future, a few years before Lisa and Lorna joined eX-D organization. The world where people drives computer-controlled electrically powered "AI cars" which automatically take you where you want to go. However, one AI car mysteriously start to run amok. Now Nina and Rei, as the main driver for ex-D organization have to solve the mystery behind the AI car with evil plot and trap awaiting for them...
As vidas de Keiichi e de Belldandy estavam prosseguindo de forma agradável até que Celestine (velho mentor de Belldandy) aparece em cena. Tendo escapado de sua prisão, Celestine deseja acabar com o corrupto sistema criado por Deus e criar uma nova ordem baseada em sua própria concepção. Mas para isso, necessitará da ajuda de Belldandy. A resposta para tudo encontra-se escondido e esquecido dentro de suas memórias. Após iniciar seus planos contra o Paraíso, Skuld e Urd tentarão para-lo, tanto para conservar o Paraíso quanto o amor entre Keiichi e Belldandy.
Officers Tsujimoto and Kobayakawa are transferred back to Bokuto Police Station after stints in other police departments. Shortly after this, the discovery of smuggled firearms and the recovery of a magnetic disc herald new troubles for Bokuto station as the Chief is thrown in jail for keeping silent over "Bee Number One", developed by Detective Emoto who went missing two years ago.
Officers Tsujimoto and Kobayakawa are transferred back to Bokuto Police Station after stints in other police departments. Shortly after this, the discovery of smuggled firearms and the recovery of a magnetic disc herald new troubles for Bokuto station as the Chief is thrown in jail for keeping silent over "Bee Number One", developed by Detective Emoto who went missing two years ago.
