В мире «Небесных скитальцев» воюют только профессионалы. Война из ужаса и проклятия превратилась в ремесло, и управляют ей транснациональные корпорации. А для настоящего ремесла требуются должные инструменты — ими стали генетические модифицированные люди, килдрены. Они не стареют, не болеют, во внешности и душе — всегда молоды, практически бессмертны и блестяще пилотируют самолёты.
Главный герой, пилот-килдрен Юичи Каннами, прибывает на военную базу Урису, чтобы воевать за корпорацию «Росток». Он постепенно включается в жизнь базы, участвуя в боях и одерживая одну победу за другой, под командованием командира базы Суйто Кусанаги. Постепенно его начинают беспокоить странные намёки своих товарищей о смерти своего предшественника-пилота. Он сближается с Кусанаги и начинает искать ответы на свои вопросы. Вот только что они принесут ему?
Фильм основан на одноимённой серии романов Хироси Мори.
2034 г нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса — теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукловодом — виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто — Кукловод? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно запланированным прекрасным преступлением? И, каков же будет результат? Тайны окружают Сообщество стабильной государственности…