Два года минуло с последних событий. Пути Ёродзуи разошлись: Гинтоки исследует Альтану, Кагура по всему космосу ищет способ вернуть прежнее состояние Садахару, а Шинпачи пытается сохранить то немногое, что осталось от их общего дома.
Но тучи сгущаются, остатки Тендошу, благодаря банановой атаке Гориллы, падают на Центральный терминал и собираются вновь использовать Альтану в своих целях.
Пришла пора друзьям в последний раз встать на защиту Эдо, чтобы исполнить желание Шоё Йошиды и заодно спасти своё будущее.
Школьница Орико Сэки по прозвищу Окко, потеряв в аварии обоих родителей, переезжает к бабушке. Бабушка управляет традиционной японской гостиницей, владелицей которой в будущем станет и Окко. Выучить правила управления отелем и другим премудростям ведения хозяйства ей поможет новый друг, которого она встречает в гостинице — призрак мальчика по прозвищу Ури-Бо.
Macross Delta is set in the year 2067, eight years after the events of Macross Frontier. The story focuses on Walküre, a team of talented idols and the Delta Squadron, a team of experienced Valkyrie pilots as they battle against the Var Syndrome, a mysterious phenomena that is consuming the galaxy, alongside the mysterious Aerial Knights Valkyrie fighter team of the Kingdom of Wind. This film recompiles scenes from the television anime with new scenes to tell a different story.
